娇俏活泼的少女丁叮当是名震江湖的大盗百变狐狸的领袖丁松之掌上明珠，好奇心重，爱管闲事。她与百变狐狸的其他成员包括大师姐钱钱、二师兄毅力、三师兄方正一起，接受客户委托，盗取财物。一日叮当潜入镇南镖局藏宝室盗取宝物，差点遭看守宝物的大猩猩袭击，幸得囚禁在室的一长毛怪人所救。叮当偷得宝物之馀，为报答怪人，将其救出镖局。怪人一番梳洗後露出本来面容，竟是一英俊的年轻剑客，名叫秦剑，他加入了百变狐狸阵营，成为叮当的四师弟。

秦剑武功高强，阅历丰富，头脑冷静，办事精明，表面却放浪不羁。叮当少女情怀初开，不禁为其倾心。丁松派叮当、秦剑及毅力一同赴京将宝物送给委托人，并遇上自称秦剑旧情人的喀丝丽。叮当察觉秦剑对京城十分熟悉，追问之下方知其原来曾是锦衣卫，越发对秦剑有兴趣。委托人实是权倾朝野的四王爷，他抓住秦剑、毅力作为人质，令叮当去找一个叫孙岚的书生来验证宝物《永乐大典》。孙岚博学多才，却有股傻乎乎的书生气，初见刁钻活泼的叮当即心生爱慕。叮当将孙岚带到四王爷府第，又被迫与孙岚去王宫偷取太后真迹，幸察觉四王爷是想借笔迹中伤太后与皇帝，藉机谋朝篡位。叮当伪造笔迹与《永乐大典》蒙骗四王爷後，与秦剑等人逃脱，并与孙岚拜别。

回到家中，叮当虽见喀丝丽痴缠秦剑，仍不减爱意，并对秦剑表白，秦剑当其是不懂事的小女孩而出言捉弄。叮当羞愤离家出走，却无处可去，最後找到孙岚，孙岚带叮当启程上京赴考。两人相处日久，日渐亲密。秦剑为完成助书生许博学高中的任务,与毅力、方正等人也来到京城。考试期间叮当发现孙岚原来对自己情深一片，不由感动。秦剑毅力等人知道，自感不及，秦剑方才发现自己对叮当亦有男女之间感情。孙岚被安排为县官，向叮当求婚。其间官银失窃，孙岚助丁松洗脱锦衣卫首领袁啸天加害的罪名，丁松对其好感非常，应允求婚，叮当气恼秦剑对己无心，也不作反对。丁松为避袁啸天再度加害诈死，叮当不知真相，十分伤痛，得到孙岚安慰，为其感动，答应嫁给孙岚，婚礼到来时叮当始觉真爱秦剑，约秦剑在大榕树下相会私奔。秦剑不愿在此时拆散其与孙岚，狠心不至。孙岚以真情感动劝回叮当，两人结成夫妻。秦剑离开伤心地，为查父仇到京城投入袁啸天麾下。

四王爷篡位之心不死，假造石碑中伤皇帝，遭耿直不阿的孙岚证明石碑为伪造。秦剑发现杀父仇人正是袁啸天，与叮当、毅力等谋划合力对付袁，却被袁知其与叮当会面而遭到怀疑，秦剑无奈之下承认与叮当有奸情。为取得袁啸天信任，秦剑与叮当假扮亲热，叮当更向孙岚提出假离婚以求真实，孙岚十分不安。秦剑与叮当日夕相处，酒後吐露自己一直难忘叮当，叮当心乱如麻。

叮当、秦剑、孙岚 、丁松等人历经艰险，戳穿四王爷与袁啸天合谋篡位的阴谋，并将两人拿获。 皇帝论功行赏，孙岚等人推辞回乡做回平民。叮当於秦剑、孙岚之间情义两难，但终觉世上最爱自己的人是孙岚，告别秦剑，回到孙岚身边。秦剑成为锦衣卫统领，终身未娶。

女侠丁叮当故事主线由一本千古奇书《永乐大典》带出，揉和了真实的历史和坊间野史，构思出一段变幻多端的历史奇情，当中包括惊心动魄的宫廷斗争，奇诡多变的江湖风波，机关算尽的盗宝历险等。拍摄手法亦有别於一般动作剧，打斗场面加入不少漫画设计，强化了功夫招式的震撼力，突出了人物的疯狂特质。更利用电脑动画与大型模型，加强视觉效果，令场面耳目一新，增添一份时代动感。一帮性格刁钻古怪的盗宝奇兵，梁家仁、梁小冰、尹天照、商天娥、张锦程等聚首一堂，笑料百出。